Nubkheperre được biết đến là anh/em trai của Sekhemre-Wepmaat Intef qua dòng chữ trên quan tài E3019 (của Sekhemre-Wepmaat): "Từ người anh/em, vua Antef (chỉ Nubkheperre) trao tặng", theo Kim Ryholt[5]. Theo đó, Nubkheperre đã tặng cỗ quan tài này cho việc chôn cất Sekhemre-Wepmaat.

Nubkheperre và Sekhemre-Wepmaat đều là những người con trai của pharaon Sobekemsaf II, theo những dòng văn tự còn sót lại trên rầm cửa của một ngôi đền ở Gebel-Antef, được giải thích bởi Ryholt[6]. Aidan Dodson[7] và Daniel Polz cũng tán thành quan điểm này. Polz cũng đưa ra một kết luận tương tự trong một cuốn sách viết bằng tiếng Đức của ông vào năm 2007[8]. Một mảnh vỡ khung cửa được tìm thấy bởi Jonn và Deborah Darnell cũng đề cập đến mối quan hệ giữa Nubkheperre và một pharaon cũng có tên Sobekemsaf, nhưng người ta vẫn không biết được đó là pharaon nào[9].

Hoàng hậu phối ngẫu của ông là Sobekemsaf[10], được đề cập trên một tấm bia tại Edfu, một chiếc vòng tay và mặt dây chuyền của bà[11]. Bà là con gái của một pharaon chưa xác định, do danh hiệu "Con gái của Vua" đề trên tấm bia, có lẽ là Rahotep[10].